Marita Hilliges är född i Stockholm. Hon studerade vid Tandläkarhögskolan, Karolinska Institutet (KI). Doktorerade i medicinsk vetenskap vid KI 1997 och blev docent i vävnadsbiologi 2002. Under åren 1994-2002 arbetade hon som lektor och forskarassistent vid KI. Därefter anställdes hon vid Högskolan i Halmstad. Hon blev verksamhetschef för naturvetenskap vid Sektionen för ekonomi och teknik. Sedan 2005 är hon ordförande i Utbildningsnämnden vid Högskolan i Halmstad. Marita Hilliges utnämndes till professor vid Högskolan Halmstad 2008.
Marita Hilliges är för närvarande ordförande i Sveriges universitet och högskoleförbunds expertgrupp för kvalitetsfrågor och vetenskaplig ledamot i regionala etikprövningsnämnden i Lund.